Es gibt zahlreiche Bäche und Flüsse im Fichtelgebirge. Die vier Hauptflüsse fließen in die vier Himmelsrichtungen: Die Naab fließt nach Süden über die Donau in das Schwarze Meer. Der Weiße Main fließt nach Westen über den Rhein, die Saale nach Norden über die Elbe und die Eger nach Osten über die Elbe in die Nordsee.

Kennzeichnend für naturnahe Fließgewässer ist das Mäandrieren durch die Landschaft, also der sich stets verändernde gewundene Lauf eines Baches oder Flusses. Die jahreszeitlich unterschiedlichen Wasserstände werden noch durch kleinräumig verschiedene Wasserhöhen ergänzt. Zusätzlich fließt das Wasser in diesen kleinen Räumen unterschiedliche schnell. Dadurch wird eine Vielzahl an Formen und Strukturen geschaffen, die einer Fülle von Tier- und Pflanzenarten als Lebensraum dienen, wie beispielsweise dem Auwald der .

Die ökologischen Vernetzungen und Abhängigkeiten der Tier- und Pflanzenarten in den Fließgewässern,  sorgen für die Grundwassererneuerung, die Wasserrückhaltung und die biologische Selbstreinigung des Wassers. Außerdem kommt ihnen eine wichtige ökologische Funktion zu, denn sie verbinden die verschiedenen Naturräume und transportieren Pflanzensamen und Tiere über weite Entfernungen und tragen so zur Verbreitung und zum Austausch der Arten bei.

Der Nährstoffgehalt von Bächen und Flüssen nimmt grundsätzlich von der Quelle bis zur Mündung stetig zu. Daher hat das Fichtelgebirge, als Quellregion mit seinen mehr als 10000 das Potential wichtige Lebensräume anzubieten. Denn hier könnten die Fließgewässer noch relativ nährstoffarm sein und somit angepassten und seltenen Spezialisten als Ökosystem dienen, wie beispielsweise der im Perlbach.

Kleinstlebewesen,  tierisches und pflanzliches Plankton, bilden in der Nahrungskette die Grundlage für Fische, Säugetiere und Menschen. Larven von Köcherfliegen und Steinfliegen, Bachflohkrebse und Wasseramseln sind Bioindikatoren ( Zeigerorganismen) für gesunde, saubere Gewässer.