Bekannt ist das Fichtelgebirge vor allem durch die vier großen Flüsse, die hier entspringen: Von seiner "weißen" Quelle am Ochsenkopf fließt der Main durch ganz Franken und wirkt auf seinem Weg wie eine Lebensader, die Natur, Kultur und Geschichte dieses Landstrichs prägt. Am Westhang des Schneebergs entspringt die Eger. Ihr Lauf durchzieht des Fichtelgebirge von West nach Ost. Einst trug auch die nächstgrößere und frühere bedeutende freie Reichsstadt Eger, heute Cheb, ihren Namen. Weit nach Böhmen in die Tschechische Republik hinein fließt dieser Fluss und mündet schließlich in die Elbe. Auch die Sächsische Saale, deren Quelle am Nordhang des Waldsteins zu finden ist, mündet schließlich nach einer langen Reise in Richtung Norden in der Elbe. Alle drei Flüsse streben also letzendlich der Nordsee zu. Eine Ausnahme bildet die Naab. Sie fließt vom Ochsenkopf aus in Richtung Süden durch die Oberpfalz und mündet schließlich in die Donau. Ihr Wasser endet nach vielen tausend Kilometern im Schwarzen Meer. Damit ist das Fichtelgebirge teil der Europäischen Hauptwasserscheide.

Neben diesen vier bekannten Flüssen entspringen der Berghängen aber weit über 1000 kleinere Quellen, die sich in Bächen vereinen und schließlich über die größeren Flussssysteme das Fichtelgebirge verlassen. Auch heilkräftiges Wasser ist zu finden, so beispielsweise in Bad Alexandersbad, in Bad Berneck oder in Hohenberg.

Viele Teiche wurden seit dem Mittelalter zur Fischzucht angelegt. Heute bieten sie wichige Lebensräume für Wassertiere und -pflanzen. Der Weißenstädter See, der Fichtelsee und der Nagler See bieten vor allem als Freizeitgewässer Erholungssuchenden vielfältige Möglichkeiten: im Sommer zum Baden und im Winter zum Eislaufen.